В процессе работы над проектом и даже во время строительства архитектор разработал несколько вариантов близких друг к другу по образному решению фасадов.
Сущность же каждого из них оставалась неизменной, фактически их можно рассматривать как различные этапы проработки одного и того же проекта. В поисках лучшего решения Захаров уточнял пропорции ордера, отдельных архитектурных частей и здания в целом, варьировал композиции и величину декоративной скульптуры. При этом высота башни со шпилем, увенчанным шаром и корабликом, оставалась неизменной.
После утверждения проекта перед архитектором встала другая очень важная проблема — как организовать не
виданные по масштабам и сложности работы. Конечно, легче было бы наладить строительство на новом месте без учета прочности уже существующей кладки и необходимости связывать новые части фундамента со старым, что при неравномерной осадке здания могло привести к появлению трещин и разрушениям. Такие проблемы не стояли ни перед Тома де Томоном, создававшим в это время ансамбль Биржи с Ростральными колоннами, ни перед Воронихиным, возводившим здание Казанского собора.
В инструкции же, составленной Экспедицией санкт-петербургских адмиралтейских строений, говорилось только об ответственности Захарова: «Главному архитектору иметь надзирание за успешным производством работ и распоряжать всеми определенными к тому людьми... и он ответствует как за доброту и употребление в дело материалов
так за успех и прочность работ».