Значительно более существенное искажение первоначального замысла Захарова связано с возникшим в начале 1870-х годов решением проложить вдоль Адмиралтейства невскую набережную. К этому времени Адмиралтейство теряет свою основную роль судостроительной верфи. Ее функции перешли к уже существовавшему Новому Адмиралтейству, созданному в конце Английской набережной, значительно ближе к Финскому заливу. В отличие от старого Новое Адмиралтейство было рассчитано на строительство более крупных и современных судов.
В 1871 году территорию, ограниченную зданием Адмиралтейства, решили разбить на семь участков и продать их под частную застройку, а вырученные от продажи деньги использовать на устройство гранитной набережной перед зданием. После проведения подготовительных работ в 1873 году началось благоустройство набережной. Открытие ее состоялось в конце 1874 года. А несколько лет спустя, в 1880 году, вдоль берега Невы между павильонами начали возводить дома. Выросшая на набережной застройка своими немасштабными Адмиралтейству разностильными каменными громадами не только задавила павильоны, но и отрезала значительную часть здания вместе с адмиралтейской башней от водной стихии. В настоящее время при обзоре здания со всех сторон и с самых разнообразных видовых точек воспринимается хотя и главная, но только часть общего замысла Захарова.
Почти одновременно с устройством набережной в 1872 году городская дума предложила с противоположной стороны здания вместо бульвара разбить сад в пейзажном стиле, то есть «не делать прямых дорожек из боязни однообразия». Летом 1884 года сад был открыт. Со временем он разросся и зеленой стеной закрыл парадный фасад Адмиралтейства.
Несмотря на многочисленные искажения XIX века, здание Адмиралтейства своим внешним видом производит необычайно сильное впечатление. Это достигнуто за счет целого ряда рассмотренных выше тщательно продуманных архитектурных приемов.