Близ Адмиралтейства, к северо-востоку от него, расположен так называемый Ботанический сад площадью 2,6 гектара. Работы по устройству сада начались в 1793 году под руководством «ботанического садовника» Ф. Гельмгольца. Местом для разбивки сада была выбрана территория старой мызы, где на протяжении многих лет существовал старый деревянный дом первых владельцев Гатчины с хозяйственными постройками при нем.
Ботанический сад получил прямолинейную, геометрически правильную «регулярную планировку. По оси центральной аллеи сада были вырыты пруды - круглый — на нижней террасе сада и восьмиугольный — на верхней террасе. Пруды предназначались для разведения редких рыб и трав. Для подъема на территорию сада, расположенного выше прилегающих к нему участков дворцового пейзажного парка, построены каменные лестницы. Постройка лестниц относится к 1798 году.
В XIX столетии Ботанический сад, сохранив свою планировку претерпел существенные изменения. Посаженные на его территории необычные для северного климата деревья — тис, вяз, бук и другие — были заменены липами и дубами. С годами они разрослись и придают Ботаническому саду особый характер, отличающий его от других районов Дворцового парка. В связи с гибелью части дубов произведены посадки молодых деревьев. Одним из украшений Ботанического сада служит цветочная горка, обработанная уступами с каменными лестницами. Здесь выставлялись в кадках экзотические южные растения.